Karena aktivisme politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang terbatas dengan tinggal di luar Indonesia mulai dari kelas tiga. Namun, cinta akan Indonesia, yang ditanamkan oleh orang tuanya dan kakeknya, membuatnya memilih Akademi Militer Nasional daripada menghadiri universitas ternama di Amerika Serikat, meskipun ia memiliki prestasi yang tinggi saat di sekolah menengah.
Di Jakarta, Prabowo tinggal di antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Tempat tinggal kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, berada di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek dari Presiden Indonesia keempat, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, karena perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak dapat menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, yang mengakibatkan pengawasan rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh layanan intelijen.
Pendidikannya dilanjutkan di American School di London, di mana Prabowo berhasil sebagai kapten tim sepakbola, debat, dan catur, dan menjabat sebagai editor-in-chief majalah sekolah. Pada saat itu, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
